Mikroorganizme, kljub njihovi raznolikosti, uničujemo na enak način. Vsi so namreč sestavljeni iz zelo podobnih gradnikov – beljakovin, polisaharidov, lipidov. Pri pridelavi hrane si želimo odstraniti vse neželene mikroorganizime iz vseh možnih površin, posod, orodja … Glavni cilj je, da mikroorganizmom razgradimo zunanjo membrano in jih tako uničimo. Preden se lotimo kakršnega koli postopka, se je potrebno zavedati, da se lahko mikroorganizmi skrijejo v umazaniji v poroznih materialih ali materialih z grobo površino (les). Skriti mikroorganizmi zlahka preživijo postopke in nam otežijo delo. Če le gre, izbiramo steklene in kovinske predmete, posode z gladko površino.
Najpogostejši način odstranitve mikroorganizmov je toplotna obdelava. Mikroorganizmi, ki rastejo pri sobni temperaturi, ali nekje do 45 °C, niso sposobni preživeti pri temperaturi, višji od 50 °C. Že ko se približamo 65 °C, za pol ure, ima večina bakterij in plesni težave s preživetjem. Temperatura 73 °C za 1 minuto, uniči večino nekoristnih bakterij, čemur rečemo pasterizacija. Ta postopek preživijo le tiste bakterije, ki tvorijo tako imenovane endospore, ki so izjemno odporne. Popolno uničenje mikroorganizmov, govorimo o sterilizaciji oz. sterilnosti, dosežemo šele pri 160 °C za 60 minut (recimo v pečici), ali v avtoklavu oz. parnem sterilizatorju pri 121 °C za 15 minut.
Prednost uničevanja mikroorganizmov s toplotno obdelavo je v tem, da je enostavna in poceni ter ne uporabljamo nevarnih kemikalij, ki bi kasneje lahko onesnažile naše izdelke. Slabost pa je ta, da marsikateri material ne prenese povišanih temperatur, ker vsebujejo različne plastične dele. Kot pripravo na naše delo si tako vedno steriliziramo vse, kar lahko (stekleni kozarci, kovinski pribor, orodje …).
V domačem okolju je povsem dovolj, če predmete, ki jih ne moremo sterilizirati, podvržemo vsaj temperaturi 80 °C. To dosežemo na dva enostavna načina. Prvi je, da tako orodje potopimo v vrelo vodo in jih, če gre, notri pustimo vsaj 1 minuto. Podobno lahko dosežemo, če v pomivalnem stroju posodo operemo na najvišji temperaturi, stroj pa odpremo šele tik pred uporabo materiala.
Drugi način odstranitve mikroorganizmov pa je kemijski. Pri tem uporabljamo različne kemijske spoje z namenom uničenja bakterijske zunanje membrane. Pri tem načinu je potrebno biti zelo previden, saj lahko ostanki detergentov in dezinfekcijskih sredstev preidejo v naše živilo, kar lahko predstavlja nevarnost, spremembo okusa, arome ipd. Od kemijskih sredstev sta v živilstvu najbolj v uporabi 80 % etanol ali spojine, ki delujejo na osnovi kisikovih radikalov (peroksid). V domačem okolju se je temu bolje izogniti in se raje ne poslužujemo, če imamo na voljo toplotno obdelavo. Dezinfekcijska sredstva se uporabljajo samo tam, kjer toplotna obdelava ni mogoča, materiala pa ne moremo zamenjati (npr. človeške roke).
Materialu, ki ga ne moremo potopiti v vrelo vodo, se raje izogibamo. Popolnoma plastični kosi orodja, leseno orodje, so lahko precejšnja težava in pomemben vir kvarljivcev ali nevarnih mikroorganizmov, zato vam za zanesljivo delo pri pripravi fermentiranih izdelkov vedno svetujemo uporabo steklenih in kovinskih kosov.
Pred pričetkom dela si vedno pripravite material, ki ga je mogoče toplotno obdelati – stekleni kozarci, kovinske posode in kovinsko orodje. Pred toplotno obdelavo naj bo dobro očiščeno vsakršne umazanije, saj le tako toplotna obdelava doseže svoj namen.