Pri nastajanju kefirja sodeluje množica različnih vrst bakterij. Tudi več kot 50. Ravno zaradi tega daje kefir bistveno bolj zapleteno aromo, okus, teksturo, kot npr. jogurt. Zaradi mikrobne pestrosti pa je kefir tudi bolj »probiotičen« izdelek.
Tradicionalno se za nastanek kefirja uporablja tako imenovana kefirna zrna. To so skupki polisaharidov, na katere so pripeti različni mikroorganizmi. Večinoma govorimo o mlečnokislinskih bakterijah (108 CFU/g), zraven pa so še kvasovke (106–107 CFU/g) in tudi ocetnokislinske bakterije (105 CFU/g). Kefirna zrna so bledo bele do rumenkaste barve, v velikosti od nekaj milimetrov pa do več centimetrov. Ko se kefir naredi, lahko zrna shranimo, razdelimo in jih ponovno uporabimo.
Zapletenost mikrobne združbe omogoča kompleksnost izdelka, hkrati pa imamo veliko težavo, ko to kulturo prenašamo naprej, saj se združba z vsakim procesom nekoliko spremeni. Nemogoče je namreč, da bi tako zapletena združba v nekih pogojih skozi čas ostajala popolnoma enaka. Ker ni novih mikroorganizmov od drugod, kot bi jih dobili tam, od koder kefir izvira (zahodna Azija, Rusija, Kavkaz), se lahko združba v zrnih nekoliko spremeni, s tem pa tudi kefir, ki s takimi zrni nastane. Še posebej imamo težavo, če ne obvladamo vzdrževanja kefirnih zrn z ozirom na higieno okolja in samega procesa. Kaj kmalu se lahko zgodi, da nam zrna napadejo drugi mikroorganizmi, ki povzročijo, da zrna splesnijo, pričnejo smrdeti ali pa preprosto izgubijo svojo moč, da naredijo dober kefir.
Zapletenost združbe pomeni tudi, da težko govorimo o tradicionalnem kefirju in o tradicionalnih kulturah, saj se je na vsakem območju kefir drugače razvijal, mikrobne združbe so se prilagodile na lokalne temperature in okolje in tako prispevale k raznovrstnosti kefirnih združb in kefirja.
Zato so sčasoma poskušali z drugačnimi metodami dosegati enake učinke. Vzgajali so bakterije, ki so rasle na gojiščih in poskušali doumeti, v kakšnih kombinacijah jih lahko uporabijo za nastanek kefirja. Tudi naša starter kultura KEFI je ena od takšnih. Ne bo vam potrebno skrbeti za to, da boste pri »življenju« obdržali kefirna zrna. Ni pa nujno, da boste s tem starterjem dobili točno takšen kefir, kot ste ga morda vajeni. Popolnoma enaka zgodba se vam bo zgodila, če boste nekje dobili nova kefirna zrna – ni nujno, da vam bo ta kefir všeč. Zagotavljamo pa vam, da boste z našo starter kulturo lahko, brez posebnega truda, dobili dober kefir, vsakokrat, ko si ga boste zaželeli.