Mikroorganizmi so zelo raznoliki. Nekateri koristni, drugi nevarni, spet tretjim je prav malo mar za človeka. Pomembno je, da poznamo osnovne razlike med njimi, predvsem pa, da razumemo, kako delujejo in vplivajo na okolje okrog sebe. Zavedati se moramo, da je vsak mikroorganizem zgodba zase in da jih ne smemo metati v isti koš.
Glive, med katere štejemo tudi kvasovke in plesni, spadajo med večje mikroorganizme po velikosti. Plesni prepoznamo po barvi in puhastem izgledu in jih največkrat negativno označimo, saj jih povezujemo s pokvarjeno hrano, črnimi madeži na stenah stanovanja. Večinoma igrajo v naravi pomembno vlogo razgrajevalcev. So pomemben del tistih mikroorganizmov, ki poskrbijo, da organska snov razpade (kompost, humus, zemlja) in omogočajo kroženje snovi v okolju. Najdemo pa jih tudi v okoljih, kot so npr. plesnivi siri, torej v naši hrani. Obstaja še ena pomembna plat plesni, so vir barvil, in predvsem zdravil, antibiotikov.
Po drugi strani so kvasovke tiste, ki jih največkrat povezujemo z nastankom kruha, piva in vina. Igrajo torej zelo pomembno vlogo pri nastajanju naše hrane, vendar je potrebno poudariti, da je z našo hrano povezanih le nekaj vrst kvasovk, v okolju pa jih najdemo celo množico, večina izmed njih igra pomembno vlogo v razgradnji organske snovi v okolju, marsikatera med njimi pa je povezana tudi s kvarjenjem naše hrane, lahko pa tudi povzročanjem bolezni pri človeku.
Bakterije, so najmanjše med mikroorganizmi. Poznamo takšne, ki nam koristijo, takšne, ki nam škodujejo in seveda tudi takšne, ki s človekovim delovanjem nimajo nobene zveze. Največ bakterij je takšnih, ki s človekom niso tesno povezane, pač pa je njihovo glavno delovanje v okolju, kjer razgrajujejo organsko snov in na splošno skrbijo, da je naš svet tak, kakršnega poznamo. Npr. v vsakem gramu zemlje lahko najdemo 10-100 milijonov bakterij in podobne številke najdemo tudi v drugih okoljih. Vse polno jih je. Med temi bakterijami smo seveda našli takšne, ki človeku pri njegovem delovanju pomagajo, koristijo (nastajanje hrane, čiščenje odpadnih voda, farmaciji …). Nenazadnje, tudi v nas samih imamo več bakterij, kot imamo lastnih celic. Te bakterije skrbijo, da naše telo normalno deluje in da sploh lahko preživimo v tem okolju. Malo je takšnih, ki lahko človeku škodujejo, in jih v večini tudi zelo dobro poznamo.
Med mikroorganizme štejemo tudi viruse, pa čeprav to niso organizmi. Virusi so zelo specialni delci, ki za to, da se skopirajo, potrebujejo živo celico. V okolju imamo ogromno virusov, vsak virus pa želi svojo vrsto celice. Nekateri napadajo bakterije, nekateri kvasovke, plesni, živalske in rastlinske celice. Nekateri pa seveda tudi človeka.
Vsi mikroorganizmi so pomemben del našega ekosistema, brez njih, naš svet ne bi bil takšen, kakršnega poznamo.